五行学说在政治中的应用是为统治阶级服务的。历代统治者出于巩固其统治的目的，都很重视五行学说。战国时期，邹衍创立阴阳五行学派，把阴阳观念和五行理论相互结合，使其神秘化，借此来说明天道、地道和人道的运动变化规律，形成了具有独特体系的神仙学说。后来在此基础上形成的“五德始终”之说即为统治阶级维护封建统治找到了所谓“天道”的神圣理由。

据《吕氏春秋》记载，统治阶级所用刑罚中，如墨、刺、剕、宫、大辟，即是依据五行制定出来的。五行学说在政治上的应用还表现为，统治者为了推行其统治政策，往往以五行术数作为自己的舆论工具。历史上北魏孝文帝南下伐齐即是一个例证。

五行学说以天人感应为理论基础，与灾异建立了极为密切的联系。在古人看来，君王之貌、颜、视、听、思均与五行相连。如果君王在上述五个方面有缺失之处，即表现为五行之间失和，如古人认为，如果君王不敬会伤木，此时往往有灾异发生。

五行学说认为，人体灾祸的出现往往与五行气场失衡之问有着不可分割的关系。如五行之气过盛或过弱，部可能会导致灾祸的发生。所以，过盛的五行之气要释放，而过弱的五行之气则要吸收，只有这样，才能维持无形的相对平衡，以避免灾祸的发生。